Hija de nobles y fervientes cristianos, nació en 1611 en las proximidades de la ciudad japonesa de Nagasaki. Refieren fuentes antiguas que era una mujer hermosa y de delicada constitución. Por su fe católica, sus padres y hermanos habían sido condenados a muerte y martirizados cuando ella todavía era muy joven. En 1624, conoció a dos agustinos recoletos, los padres Francisco de Jesús y Vicente de san Antonio, llegados al Japón unos meses antes. Atraída por la profunda espiritualidad de ambos misioneros, se consagró a Dios como “terciaria” agustina recoleta. Desde aquel momento, su vestido de gala fue el hábito de terciaria, y su mayor solicitud la oración, la lectura de libros religiosos y el apostolado.
Los tiempos eran difíciles. La persecución que arreciaba contra los cristianos era cada día más sistemática y cruel. Magdalena enseñaba el catecismo a los niños y pedía limosna a los comerciantes portugueses a favor de los pobres. En 1629, se refugió con los padres Franciso y Vicente y varios centenares de cristianos en las montañas de Nagasaki. En noviembre de aquel mismo año, fueron capturados los dos misioneros, y ella permaneció escondida, soportando con serena alegría sufrimientos y estrecheces. Infundía valor para mantenerse firmes en la fe, animaba a cuantos por temor o debilidad habían renegado de Cristo, visitaba a los enfermos, bautizaba a los recién nacidos y para todos tenía una palabra de aliento.
En vista de los frecuentes apostasías de cristianos aterrorizados por las torturas a que eran sometidos y deseosa de unirse para siempre a Cristo, Magdalena decidió desafiar a los tiranos. Vestida con su hábito de terciaria, en septiembre de 1634, se presentó ante los jueces. Llevaba consigo un pequeño fardo llenos de libros religiosos para rezar y leer en la cárcel. Ni las promesas de un matrimonio ventajoso ni las torturas consiguieron doblegar su voluntad. A primeros de octubre, fue sometida al tormento de la “forca” o “fossa”. Suspendida por los pies, con la cabeza y el pecho introducidos en una cavidad cubierta con tablas para hacer aún más difícil la respiración, la valiente joven invocaba durante el martirio los nombres de Jesús y de María, y cantaba himnos al Señor. Resistió trece días en este tormento, hasta que una noche una fuerte lluvia inundó la fosa y la mártir se ahogó. Los verdugos quemaron su cuerpo y esparcieron las cenizas en el mar para que los cristianos no conservaran reliquias suyas.
Beatificada en 1981, fue canonizada por Juan Pablo II el 18 de octubre de 1987 junto a otros 15 mártires en Japón.
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